Khoa Sức khỏe sinh sản thực hiện các nhiệm vụ sau:
1. Đầu mối xây dựng kế hoạch chỉ đạo, kiểm tra, giám sát; triển khai thực hiện kế hoạch và báo cáo kết quả các hoạt động về: sức khỏe sinh sản, chăm sóc sức khỏe phụ nữ, sức khỏe bà mẹ, sức khỏe trẻ sơ sinh và trẻ em, sức khỏe sinh sản vị thành niên và thanh niên, sức khỏe sinh sản nam giới; sức người cao tuổi; dịch vụ kế hoạch hóa gia đình, phá thai an toàn; phòng chống nhiễm khuẩn và ung thư đường sinh sản, dự phòng, điều trị vô sinh; phối hợp phòng, chống bệnh lây truyền qua đường tình dục; Khám sàng lọc, phát hiện bệnh và điều trị dự phòng;
2. Phối hợp thực hiện các hoạt động cung cấp thông tin, truyền thông; giám sát tác nhân gây bệnh; điều trị dự phòng và quản lý sức khỏe cộng đồng; phối hợp thực hiện các hoạt động phòng, chống rối loạn dinh dưỡng, rối loạn vi chất dinh dưỡng, dinh dưỡng tiết chế; dinh dưỡng bà mẹ, dinh dưỡng trẻ em và các hoạt động nâng cao tầm vóc và thể trạng con người Việt Nam; nghiên cứu và tham gia nghiên cứu khoa học, ứng dụng các tiến bộ khoa học, kỹ thuật liên quan; chỉ đạo tuyến; tập huấn nâng cao năng lực chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về lĩnh vực sức khỏe sinh sản;
3. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Trung tâm giao.