Khoa Ký sinh trùng - Côn trùng thực hiện các nhiệm vụ sau:
1. Đầu mối xây dựng kế hoạch chỉ đạo, kiểm tra, giám sát; triển khai thực hiện kế hoạch và báo cáo kết quả các hoạt động về: phòng chống ký sinh trùng, côn trùng truyền bệnh; hóa chất và chế phẩm diệt côn trùng, diệt khuẩn dùng trong lĩnh vực gia dụng và y tế;
2. Phối hợp thực hiện các hoạt động cung cấp thông tin, truyền thông; giám sát tác nhân gây bệnh; điều trị dự phòng và quản lý sức khỏe cộng đồng; nghiên cứu và tham gia nghiên cứu khoa học, ứng dụng các tiến bộ khoa học, kỹ thuật liên quan; tập huấn nâng cao năng lực chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về lĩnh vực ký sinh trùng và côn trùng;
3. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Trung tâm giao.